وأوضح خلال دراسة المزانية الفرعية للمجلس يوم الاثنين 2 أبريل 2012 ، أنه لا يمكن أن يسمح أن تمس استقلالية المؤسسة، لأن ذلك سيطرح خلل قانوني ودستوري، فاتحا الباب أمام اللجنة من أجل التواصل مع المجلس. واعتبر خلال رده على مداخلات النواب، أن المجلس ملزم بالاستقلالية اتجاه السلطة التنفيذية والتشريعية مؤكدا عن فصل السلط. وأكد أنه خلال السنوات السبع الأخيرة عرفت بعض الديمقراطيات تقديم استقالات لأن هناك تضارب الآراء بين الرقابة العليا للمالية والسلطة التنفيذية.
واعتبر أن البرمجة تكون جماعية والتدقيق يكون جماعي، وأي قرار يأخذه ما بين 3 و5 قضاة لكي يكون العمل ذو مصداقية.
وأكد أن اختيار المؤسسات يتم وفق 3 معايير، أهمية المالية العمومية لهذه المؤسسات، والشعور بأن هناك خطر على المالية العمومية، بالإضافة إلى تنوع المؤسسات، ونفى بأن تكون انتقائية في اختيار المؤسسات.
وتساءل محمد أمكراز من العدالة والتنمية عن انتقاء مؤسسات دون أخرى، بل هناك انتقاء مديريات دون أخرى داخل نفس المؤسسة.وطالب بإعادة النظر في حجية تقارير المجلس أمام القضاء.
من جهته، اعتبر عبد الواحد الأنصاري من حزب الاستقلال أن هناك أفعال قد تتقادم إذا لم تكن موضع افتحاص، وأن عدم مراقبة الاختلاسات القليلة هي التي تؤدي إلى اختلاسات كبيرة.
وأكد ضرورة إعادة النظر في القانون التنظيمي للمجلس الأعلى للحسابات، ومسطرة الإحالة، معتبرا أن هذه المسطرة طويلة ومعقدة، ويجب التفكير في صيغة أخرى تشريعية تتيح إحالة مباشرة على القضاء دون المرور عبر المساطر الطويلة.